翻译 - TCGAbiolinks 2 - Searching GDC database

TCGAbiolinks:搜索GDC数据库发表时间:2019年3月20日TCGAbiolinks提供了一些搜索GDC数据库的功能。本节首先介绍GDC数据的两个可以用的源:Harmonized和LegacyArchive。然后提供一些实例,探究如何如何访问和使用它们。1.一些有用的信息1.1.不同GD

翻译 - TCGAbiolinks 1 - Introduction

介绍发表时间:2019年3月20日TCGAbiolinks通过GDCApplicationProgrammingInterface(API)接口访问NationalCancerInstitute(NCI)GenomicDataCommons(GDC)数据库,从而可以搜索、下载和处理TCGA项目中的数

TCGAbiolinks-TCGA分析

开始接触TCGA数据,想学习如何下载、处理、分析这些数据。在目前的常用分析包中选中了R包TCGAbiolinks。下面就记录我的学习过程,实际上本身TCGAbiolinks的官方教程就比较完整,我就按照官方教程学习如何处理,并将其翻译为中文,和大家一起学习。官方教程翻译:翻译1-TCGAbiolin

蛋白-配体互作分析(2D & 3D)

在完成蛋白和分子的对接后,我们会得到蛋白和分子的亲和力得分值,当然不同的软件,如Sybyl、GOLD、AutodockVina等,这些软件的得分取值范围存在存在很大的差异,这里我们就不进行详细的讨论了。在这里我想和大家分享的是关于对接的后续分析。我们经常的论文中看到下面两种类型的图,他们分别表示蛋白

PyMOL - 开源版本安装

说明:实际上Windows和Linux差不多,当前教程参考这个版本的教程:https://pymolwiki.org/index.php/Windows_Install1.商业版本安装(IncentivePyMOL)直接到Schrödinger官网去下载(exe版本)就能安装。地址:https://

实操 - peakPantheR

在翻译了peakPantheR后,我想按照它的教程在自己的电脑上走一遍,以便了解其中的命令细节。1.R包安装1.1.软件包安装设置镜像仓库,并将一些镜像的源替换成国内的,以便加速下载#设置镜像仓库setRepositories(ind=1:4)#int数值对应的镜像仓库#1:+CRAN#2:BioC

翻译 - LCMS data preprocessing and analysis with xcms

说明:最近在看一些代谢组学数据的处理,其中XCMS这个R包是非常好用的,但是目前对这个包还不熟悉。因此,到期官网查看相关文档,发现有几篇学习的文档。所以便翻译,边理解。也与大家共享。由于专业知识欠缺,有错误的地方请指正。实际上,大家最好看原文才能更好的理解这个包的用法。原文地址:http://bio

翻译 - peakPantheR-3: Parallel Annotation

ParallelAnnotationArnaudWolfer2018-06-13peakPantheR被设计用来对MS文件进行检测、积分和报告预定义的特征(detection,integrationandreportingofpre-definedfeatures)。对与上述的“检测、积分和报告预定

翻译 - peakPantheR-2: Real Time Annotation

RealTimeAnnotationArnaudWolfer2018-02-21peakPantheR被设计用来对MS文件进行检测、积分和报告预定义的特征(detection,integrationandreportingofpre-definedfeatures)。对与上述的“检测、积分和报告预定

翻译 - peakPantheR-1: Getting Started with the peakPantheR package

GettingStartedwiththepeakPantheRpackageArnaudWolfer2018-02-211.peakPantheR在R中用于高分辨率试验的峰选择(PeakPicking)和注释(ANnoTation)的包。通过R和Shiny实现2.Overview在MS文件中,pe
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