资源汇总

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科研绘图 

Cytoscape - 介绍及网络构建

1.前言大家在阅读SCI文献时候经常能看到很多精美的网络图（Network）（图1），我们可以看到网络图中的节点（Node）具有不同的颜色，不同的大小，而边（Edge）也具有不同的粗细，那么这些网络图蕴含着什么信息呢？简单的说，研究者们喜欢通过Network来直观的展示其研究结果。在这些Networ
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药物辅助设计 

Amber系列1 - Amber16介绍和安装

1.Amber-介绍Amber是一套让用户能够进行分子动力学模拟的程序组,特别是用于生物分子的模拟.没有单个的程序使用Amber这个名称,但各部分能很好地协同工作,并为许多常用的计算提供了强大的框架.[1,2]术语Amber也用来指实现的经验力场.[3,4]然而,应当认识到,该代码和力场是分开的:若
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药物辅助设计 

Autodock系列3 - 蛋白晶体的选择

其实我们在对接的过程中，无论你用的是什么软件（开源免费的Autodock，还是商业的SYBYL等），我们都需要选择靶点对应的蛋白晶体结构文件作为受体。有时候大家不知道如何去选择蛋白晶体？选择好蛋白晶体后如何处理？这里，我将和大家分享一下，我的处理过程。如果您有其他的处理流程，请在下面的评论处下，分享
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药物辅助设计 

Autodock系列2 - Windows系统下的对接步骤

说明：本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6，AutoDockVina、PaDEL-ADV等软件1.必备软件的安装分别安装下列软件的Windows版本：1.MGLToolshttp://mgltools.scripps.edu/downloads说明：这个软件中包含了AutoDock
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药物辅助设计 

Autodock系列1 - 分子对接简介及操作

说明：本教程主要的内容来自YunwenTao、XianlongWang、YunfengJiang、BinHe等人所做的教程，感谢这些作者的贡献1.分子对接的生物学背景分子对接的最初思想起源于Fisher．E提出的酶与底物相互作用的“锁和钥匙模型"，它指的是底物和酶（也就是分子对接中的配体和
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生物信息 

翻译 - WGCNA 6 - Export of networks to external software

6.网络导出在这里，我们可以将获得的共表达网络提取出来，然后使用其他第三方可视化工具来分析，比如Cytoscape、VisANT。6.1.导入处理的数据：首先，导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息datTraits以及构建的网络和模块networkConstruction-auto.RD
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生物信息 

翻译 - WGCNA 5 - Network visualization using WGCNA functions

5.网络可视化5.1.导入处理的数据：首先，导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息datTraits以及构建的网络和模块networkConstruction-auto.RData：#设定工作目录setwd("/home/cxt/data/R/")#导入包library
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生物信息 

翻译 - WGCNA 4 - Network-analysis-with-other-data-such-as-functional-annotation-and-gene-ontology

4.GO分析及功能注释前面的分析已经确定了几个与临床特征（体重）高度相关的模块(标记为brown、red和salmon)。为了便于生物学解释，我们想知道模块中基因的GO信息，探究这些基因是否某些功能类别中显著丰富等。4.1.导入处理的数据：首先，导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息dat
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生物信息 

翻译 - WGCNA 3 - Relating modules to external clinical traits and identifying important genes

3.模块-临床信息关联并识别重要基因3.1.导入处理的数据：首先，导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息datTraits以及构建的网络和模块networkConstruction-auto.RData：#设定工作目录setwd("/home/cxt/data/R/")
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