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2019-10-14 Mon

科研绘图

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Cytoscape - 介绍及网络构建

1.前言大家在阅读SCI文献时候经常能看到很多精美的网络图（Network）（图1），我们可以看到网络图中的节点（Node）具有不同的颜色，不同的大小，而边（Edge）也具有不同的粗细，那么这些网络图蕴含着什么信息呢？简单的说，研究者们喜欢通过Network来直观的展示其研究结果。在这些Networ

Cytoscape

2019-06-11 Tue

药物辅助设计

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Amber系列1 - Amber16介绍和安装

1. Amber - 介绍Amber是一套让用户能够进行分子动力学模拟的程序组, 特别是用于生物分子的模拟. 没有单个的程序使用Amber这个名称, 但各部分能很好地协同工作, 并为许多常用的计算提供了强大的框架. [1, 2] 术语Amber也用来指实现的经验力场. [3, 4]然而, 应当认识到

Amber

2019-06-11 Tue

药物辅助设计

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Autodock系列3 - 蛋白晶体的选择

其实我们在对接的过程中，无论你用的是什么软件（开源免费的Autodock，还是商业的SYBYL等），我们都需要选择靶点对应的蛋白晶体结构文件作为受体。有时候大家不知道如何去选择蛋白晶体？选择好蛋白晶体后如何处理？这里，我将和大家分享一下，我的处理过程。如果您有其他的处理流程，请在下面的评论处下，分享

Autodock

2019-06-11 Tue

药物辅助设计

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Autodock系列2 - Windows系统下的对接步骤

说明：本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6， AutoDock Vina、PaDEL-ADV等软件1. 必备软件的安装分别安装下列软件的Windows版本：1. MGLTools http://mgltools.scripps.edu/downloads说明：这个软件中包含了Aut

Autodock