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Cytoscape - 介绍及网络构建

1.前言大家在阅读SCI文献时候经常能看到很多精美的网络图(Network)(图1),我们可以看到网络图中的节点(Node)具有不同的颜色,不同的大小,而边(Edge)也具有不同的粗细,那么这些网络图蕴含着什么信息呢?简单的说,研究者们喜欢通过Network来直观的展示其研究结果。在这些Networ

Amber系列1 - Amber16介绍和安装

1. Amber - 介绍Amber是一套让用户能够进行分子动力学模拟的程序组, 特别是用于生物分子的模拟. 没有单个的程序使用Amber这个名称, 但各部分能很好地协同工作, 并为许多常用的计算提供了强大的框架. [1, 2] 术语Amber也用来指实现的经验力场. [3, 4]然而, 应当认识到

Autodock系列3 - 蛋白晶体的选择

其实我们在对接的过程中,无论你用的是什么软件(开源免费的Autodock,还是商业的SYBYL等),我们都需要选择靶点对应的蛋白晶体结构文件作为受体。有时候大家不知道如何去选择蛋白晶体?选择好蛋白晶体后如何处理?这里,我将和大家分享一下,我的处理过程。如果您有其他的处理流程,请在下面的评论处下,分享

Autodock系列2 - Windows系统下的对接步骤

说明:本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6, AutoDock Vina、PaDEL-ADV等软件1. 必备软件的安装分别安装下列软件的Windows版本:1. MGLTools http://mgltools.scripps.edu/downloads说明:这个软件中包含了Aut

Autodock系列1 - 分子对接简介及操作

说明:本教程主要的内容来自Yunwen Tao、Xianlong Wang、Yunfeng Jiang、Bin He等人所做的教程,感谢这些作者的贡献1. 分子对接的生物学背景分子对接的最初思想起源于 Fisher.E 提出的酶与底物相互作用的“锁和钥匙模型",它指的是底物和酶(也就是分子
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