学而通之

玩转GPT提示词

学而通之 — Tue, 21 Jan 2025 14:07:00 GMT

提示词技巧技巧1：To do and Not To do 技巧 2：增加示例技巧 3：使用引导词，引导模型输出特定内容技巧 4：增加 Role（角色）或人物技巧 5：使用特殊符号指令和需要处理的文本分开技巧 6：通过格式词阐述需要输出的格式技巧 7：Zero-Shot Chain of

计算机辅助药物设计 - 基础技能点

学而鸣之 — Sat, 29 Jun 2024 06:27:00 GMT

读《基于生理的药物动力学（PBPK）建模与模拟：原理、方法及在医药工业中的应用》其中一段有感，只要针对下面列出的每个关键词都能有实践的路径，则将计算机辅助药物设计的基础打通了。大家可对照自己看看自己目前已经会那些内容：结合位点分析：利用软件工具预测靶蛋白上潜在的配体结合活性位点，并给出其三维结

nPYc-toolbox翻译-9-多变量分析 (Multivariate Analysis)

学而通之 — Sat, 30 Nov 2019 14:32:00 GMT

多变量分析 (Multivariate Analysis) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/multivariate.html multicariate模块为对象Dataset

nPYc-toolbox翻译-8-Batch & Run-Order Correction

学而通之 — Sat, 30 Nov 2019 11:32:00 GMT

# 批次&分析顺序矫正 (Batch & Run-Order Correction) 链接： https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/batchAndROCorrection.html#module-nPYc.batchAndROCorrectio

nPYc-toolbox翻译-7-配制 (Configuration)

学而通之 — Fri, 29 Nov 2019 14:30:00 GMT

配制 (Configuration) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/configuration/configuration.html 可以以可重复的方式修改toobox的许多方面的行为，以通过创建配置文件创建新的工作流程，看

nPYc-toolbox翻译-5-绘图功能(Plotting functions)

学而通之 — Fri, 29 Nov 2019 13:29:00 GMT

绘图功能(Plotting functions) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/plots.html 请参阅图片库

nPYc-toolbox翻译-4-报告功能 (Reporting Functions)

学而通之 — Thu, 28 Nov 2019 13:28:00 GMT

报告功能(Reporting Functions) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/reports.html reports`子模块提供了在数据集对象上生成各种自动报告的功能。大多数报告可以内联显示(即在Jupyter笔记本中显示)，或者以

nPYc-toolbox翻译-3-枚举 (Enumerations)

学而通之 — Tue, 26 Nov 2019 13:27:00 GMT

枚举 (Enumerations) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/enumerations.html 为分析实验中引用的公共类型提供一组枚举 <

nPYc-toolbox翻译-2-Dataset-classes

学而通之 — Sat, 23 Nov 2019 13:23:00 GMT

原文地址：https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/objects.html 数据集类型（Dataset classes） nPYc工具箱是围绕一个核心 Dataset 类构建的，它代表了一个度量集合，带有与每个样本相关联的生物和分析元数据，以及与观

nPYc toolbox翻译-1-Using-the-nPYc-toolbox

学而通之 — Thu, 21 Nov 2019 13:21:00 GMT

原文地址：https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/tutorials/tutorial.html 使用 nPYc 工具箱

nPYc-toolbox翻译-术语

学而通之 — Wed, 13 Nov 2019 11:20:00 GMT

来自连接https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/nomenclature.html 术语 nPYc工具箱在定义样本类型和分析研究设计元素时使用了以下术语。某些术语在enumerations

nPYc工具包概述

学而通之 — Sun, 10 Nov 2019 13:15:00 GMT

接收导入的数据已经进行了峰提取的LC-MS数据（如采用XCMS, Progenesis QI或者Metaboscape) NMR原始图谱（Bruker格式）靶标数据集（如采用Targetlynx, Bruker B

蛋白-配体互作分析（2D & 3D）

学而通之 — Thu, 18 Jul 2019 03:33:00 GMT

在完成蛋白和分子的对接后，我们会得到蛋白和分子的亲和力得分值，当然不同的软件，如Sybyl、GOLD、AutodockVina等，这些软件的得分取值范围存在存在很大的差异，这里我们就不进行详细的讨论了。在这里我想和大家分享的是关于对接的后续分析。我们经常的论文中看到下面两种类型的图，他们分别表示蛋

PyMOL - 开源版本安装

学而通之 — Thu, 13 Jun 2019 13:13:00 GMT

1.商业版本安装（Incentive PyMOL）直接到Schrödinger官网去下载（exe版本）就能安装，地址：https://www.schrodinger.com/suites/pymol

Autodock - Windows系统下的对接步骤

学而通之 — Sun, 26 May 2019 09:22:00 GMT

说明：本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6， AutoDock Vina、PaDEL-ADV等软件 1. 必备软件的安装分别安装下列软件的Windows版本： 1. MG

Autodock - 蛋白晶体的选择

学而通之 — Fri, 24 May 2019 06:13:00 GMT

其实我们在对接的过程中，无论你用的是什么软件（开源免费的Autodock，还是商业的SYBYL等），我们都需要选择靶点对应的蛋白晶体结构文件作为受体。有时候大家不知道如何去选择蛋白晶体？选择好蛋白晶体后如何处理？这里，我将和大家分享一下，我的处理过程。如果您有其他的处理流程，请在下面的评论处下，分

Autodock - 分子对接简介及操作

学而通之 — Thu, 23 May 2019 03:32:00 GMT

说明：本教程主要的内容来自Yunwen Tao、Xianlong Wang、Yunfeng Jiang、Bin He等人所做的教程，感谢这些作者的贡献 1. 分子对接的生物学背景分子对接的最初思想起源于 Fisher．E 提出的酶与底物相互作用的“锁和钥匙模型"，它指的是底物和酶