说明：本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6， AutoDock Vina、PaDEL-ADV等软件

1. 必备软件的安装

分别安装下列软件的Windows版本：

1. MGLTools http://mgltools.scripps.edu/downloads
说明：这个软件中包含了AutoDockTools
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2. AutoDock Vina http://vina.scripps.edu/
说明：这里既有软件的下载，也有软件的教程以及运行Vina的一些软件，请自行探索
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3. PaDEL-ADV http://www.yapcwsoft.com/dd/padeladv/
说明1：这个是运行Vina的GUI即是图形界面，因为单独的Vina只能命令行运行，因此为了方便采用图形界面
说明2：PaDEL-ADV是一个Java程序，需要提前按照好Java的JRE环境

上述软件分别运行，安装目录既可以默认，也可以自行设定，但是后期使用其他软件的时候就要注意目录的问题。

![](https://cxt-data.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/img/20190123085048.png)

2. 准备蛋白和分子

相关分子和蛋白文件的准备参考“Autodock - 分子对接简介及操作”中的介绍，最终我们获得了分子文件（pdbqt格式），蛋白文件（pdbqt格式），以及对接区域参数文件（conf.txt）。考虑我们使用的图形界面是PaDEL-ADV，我们的conf.txt文件的格式如下：分别表示蛋白文件位置，对接区域的中心位置，对接区域的长宽高。

receptor=D:\Data\DockVina\HSPB1.pdbqt 
center_x=14.716 
center_y=21.556 
center_z=52.056 
size_x=46 
size_y=40 
size_z=50

3. PaDEL-ADV运行对接

PaDEL-ADV对接的相关操作如下：

  1. 首先准备好相关文件，其中Ligand文件夹中的是分子文件，可以是一个或者多个

  2. 打开PaDEL-ADV，设置相关程序的位置：

    1. Ligands：分子文件所在位置

    2. MGLTools：这个软件所在位置

    3. Python：这个Python程序的位置实际上和MGLTools位置相同，应为MGLTolls安装时自带了Python程序，版本2.5版本

    4. Vina：Vina所在位置

    5. Results：对接得分所在位置，时一个csv文件

    6. Vina configuration：对接参数所在位置

    PaDEL-ADV运行界面

  3. 运行结束后，每一个分子都有一个压缩文件，里面包含了其具体结果

    对接结果

    Enhinacoside分子的结果

4. PaDEL-ADV注意事项

  1. 由于PaDEL-ADV版本和MGLTools版本存在差别，因此在运行时会出现如下所示的错误，这个错误是表明运行中没有发现运行所需的文件。

  2. 具体，我们可以按照上述错误，查看原始安装目录中的情况：

  3. 我们发现，并没有MGLToolsPckgs这个文件夹，这是因为，随着版本的更新，最新的版本1.5.6中，MGLToolsPckgs下AutoDockTools被移到了其他目录中：C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\Lib\site-packages

  4. 因此，为了解决这个问题，我们需要在根目录下新建一个MGLToolsPckgs文件夹，并将AutoDockTools文件夹拷贝到MGLToolsPckgs目录下，这样程序就能顺利运行。

  5. 在解决了上述的问题后，重新操作“PaDEL-ADV运行对接”就能在Windows上完成Autodock Vina的对接了。