蛋白-配体互作分析(2D & 3D)
在完成蛋白和分子的对接后,我们会得到蛋白和分子的亲和力得分值,当然不同的软件,如Sybyl、GOLD、AutodockVina等,这些软件的得分取值范围存在存在很大的差异,这里我们就不进行详细的讨论了。在这里我想和大家分享的是关于对接的后续分析。 我们经常的论文中看到下面两种类型的图,他们分别表示蛋
Autodock - 分子对接简介及操作
说明:本教程主要的内容来自Yunwen Tao、Xianlong Wang、Yunfeng Jiang、Bin He等人所做的教程,感谢这些作者的贡献 1. 分子对接的生物学背景 分子对接的最初思想起源于 Fisher.E 提出的酶与底物相互作用的“锁和钥匙模型",它指的是底物和酶
AI辅助药物设计
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计算机辅助药物设计 - 基础技能点
读《基于生理的药物动力学(PBPK)建模与模拟 :原理、方法及在医药工业中的应用》其中一段有感,只要针对下面列出的每个关键词都能有实践的路径,则将计算机辅助药物设计的基础打通了。 大家可对照自己看看自己目前已经会那些内容: 结合位点分析:利用软件工具预测靶蛋白上潜在的配体结合活性位点,并给出其三维结
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多变量分析 (Multivariate Analysis) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/multivariate.html multicariate模块为对象Dataset
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# 批次&分析顺序矫正 (Batch & Run-Order Correction) 链接: https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/batchAndROCorrection.html#module-nPYc.batchAndROCorrectio
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配制 (Configuration) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/configuration/configuration.html 可以以可重复的方式修改toobox的许多方面的行为,以通过创建配置文件创建新的工作流程,看
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绘图功能(Plotting functions) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/plots.html 请参阅图片库
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报告功能(Reporting Functions) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/reports.html reports`子模块提供了在数据集对象上生成各种自动报告的功能。大多数报告可以内联显示(即在Jupyter笔记本中显示),或者以
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枚举 (Enumerations) https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/enumerations.html 为分析实验中引用的公共类型提供一组枚举 <
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nPYc-toolbox翻译-2-Dataset-classes
原文地址:https://npyc-toolbox.readthedocs.io/en/latest/objects.html 数据集类型(Dataset classes) nPYc工具箱是围绕一个核心 Dataset 类构建的,它代表了一个度量集合,带有与每个样本相关联的生物和分析元数据,以及与观