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术语

nPYc工具箱在定义样本类型和分析研究设计元素时使用了以下术语。某些术语在enumerations模块中被定义和控制

Generation of samples

图片3 样本生成的层次结构,研究样本来自一个或多个抽样事件 (sampling events)的参与者们(participants)。这些样品在一个或多个方法下进行分析,得到相应的数据

单位

表格6 nPYc工具箱中使用的未指定单位如下所列

变量

单位

数据类型

注释

样品是否包括 (Sample inclusion)

bool

True==included, Falses==excluded

特征是非包括 (Feature inclusion)

bool

True==included, False==excluded

分析顺序 (Run order)

int

升序排序 (Ascending rank order)

时间&日期(Times & Dates)

datetime

导出/导入 如RFC 3339

样品体积

毫升 (ml)

float

电离模式

Polarity

离子类型

Ionisation

保留时间 (Retention Time)

秒 (s)

float

原子质量 (Atomic Mass)

统一原子质量单位 (u)

float

核磁化学位移 (NMR Chemical Shift)

PPM

float

碰撞能量 (Collision Energy)

伏特 (v)

float

符号

矩阵设置为大写字体,向量设置为小写字体,标量值设置为斜体

术语

分装样本(Aliquots)

分装样本是样本的一个或多个亚分数被认为是功能等价的。这些样品在不影响其组成及实验结果预期的情况下也许会被分装或者合并

分析批次

在一个连续的分析运行中获得的研究和参考样本集 ,没有计划中断(保证仪器保养)

实验

对于样品化学成分的描述分析程序,包括样品制备,数据采集,和特征提取。对于绝对的化学名称,或带注释的和未知的特性,由一个分析产生的数据集可以提供作为相对或绝对数量的度量。

实验角色

可以通过提供一个分析的线性 (linearity reference)或精确对照品 (precision reference)参考来获得数据,以描述分析或者为了数据生成的目的。

批次效应 (Batch Effects)

样品分析和制备的影响,可能导致在不同时间点测量的系统差异.

连续数据 (Continuum Data)和图谱数据 (Spectral Data)

分析数据,其中变量的邻接性是显著的。

例子包括核磁共振谱,或在连续模式下记录的质量谱。

矫正批次 (Correction Batch)

在理想的情况下,分析批次及跑样顺序效应在研究区分的分析批次中检测并矫正。但是一些非预期的中断时常发生,因此进一步使用修正批次十分必要

离散数据 (Discrete Data)

分析数据,其中的变量的邻接对他们的解释不重要。峰提取的UPLC-MS,目标和临床测量通常是这种类型的

外标 (External Reference)

为评估分析质量而获得的,与研究样本的相似基质的样本

特征 (Feature)

从特定的分析中测量的实体,这就代表了化验样本中大量的化学物质。样本中的每一种化学物质都可能导致从特定的分析中产生的数据集中的任何一个或多个特性。

线性对照品 (Linearity Reference)

一组已知的化学成分丰富的样品。在分析研究中,通常会稀释研究参考文献中已知量的稀释度),用于分析分析过程中特征响应的线性关系。

系列的稀释样品 (Serial Dilution-Series, SRD)

长期对照 (Long-term Reference, LTR)

一个可比较的基质的外部参考样本,在几个独立的研究中进行了分析,为组合数据集提供了一个基线

质量准确度 (Mass Accuracy)

在质谱中测量离子m/z的精确度。通常用ppm表示,并通过公式计算:△mi是观测值,ma是实际真实值

质谱 (Mass Spectrometry, MS)

分析技术根据所观察到的组成化合物的质量-电荷比来分析样本

电荷比 (Mass-to-Charge Ratio, m/z)

质谱术语描述相对于其电荷的离子质量的测量

基质 (Matrix)

标本的来源,例如,尿液,血浆,或血清。

方法参照 (Method Reference, MR)

含有明确的特定化学成分对照品混合物。方法参照品中的组成具有实验的特异性。

核磁共振波谱 (Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy, NMR)

通过探测磁场中原子核的共振来分析样品的分析技术。

参与者 (Participant)

项目 (Subject)

样品来源 (Sample Source)

样品的来源(产生于采样事件),它可以代表一个个体,实验地点或条件,或其他。

质谱中的ppm (ppm (MS))

用于表示质谱中化合物质量测定的准确性。

核磁共振波谱中的ppm (ppm(NMR))

核磁共振波谱中对原子核的化学变化的测量

准确性参照 (Precision Reference)

在实验中反复分析的样本,用于评估平台的稳定性。

制备批次 (Preparative Batch)

一组或多个样本批次一起处理和准备,使用一组试剂。

程序空白 (Procedural Blank)

样本处理与研究样本相同,但是不期望包含来自样本基质的任何信号。

空白样本可用于识别污染信号,或建立噪声基线。

参照样品 (Reference Sample)

参考样本是考虑到分析平台分析变量,用来描述在数据采集过程中样品分析的稳定性的样品。包括准确性参照 (precision reference)、线性参照 (linearity references)以及方法参照 (method references)。

相对标准偏差 (Relative Standard Deviation, RSD)

RSD用于评价分析的准确性,以百分数表示。

样本分析顺序 (Run order)

样本分析的测定

样本分析顺序效应 (Run-Order Effects)

分析因素可能影响数据集的特征测量,方法是引入测量中的渐进分析偏差。例如,在ToF MS探测器中观察到的测量强度逐渐下降。

样本 (Sample)

需要测定的样品。可分为两大类,研究样本构成分析的核心,以及参考样本,使分析性能的特征得以体现。

样本测定 (Sample Assay)

单个分析的分析数据,来自单个物理样本。

样本基础名称 (Sample Base Name)

同一样本的所有可比化验的共同名称。例如,对相同样本的重新获取将共享相同的基名.

样本批次 (Sample Batch)

一组研究样本(通常是80个,允许在96孔板上进行格式化,并有参考样本的空间),再加上一些参考样本,一起准备和分析。

样品文件名称 (Sample File Name)

分析数据文件的唯一名称。从样本物理样本(例如,重新运行)中获得的两个样本分析将具有唯一的样本文件名。

样品种类 (Sample Type)

样本的种类,研究样本构成了分析的核心,以及各种参考样本,这些样本允许分析性表现的特征

样品采集事件 (Sampling Event)

生成一个样本的特定时间点。一个抽样事件可能产生几个相等的分装样本。值得注意的是,同时获得参与者的血浆和尿液样本被认为是两个取样事件,因为所获得的生物流体是不可互换的。

稀释系列 (Serial Dilution-Series, SRD)

由研究参考的连续稀释所产生的一组线性参考样本。

研究 (study)

一组用于分析的样本,组成一个单一的项目

研究池 (Study Pool)

由许多或所有研究样本中提取的液体组成的样本 (study samples)。

(study reference)是研究池 (study pool) 的一种

研究参考样品 (Study Reference, SR)

汇集了所有研究样本的集合参考矩阵

试验样品 (Study Sample, SS)

包括研究的样品

Ultra-Performance Liquid Chromatography Mass Spectrometry (UPLC-MS) 超高效液相色谱-质谱

一种用于实验样品分析的耦合色谱分离与质量检测的分析技术。