翻译 - TCGAbiolinks 9 - Extension

TCGAbiolinks-新功能作者:MohamedMounir发表时间:2019年3月20日新功能:TCGAbiolinks版本TCGAbiolinks目前还提供了查询和下载TARGET数据库的数据的函数,并获得用于下游分析的SummarizedExperiments对象。此外,TCGAanaly

翻译 - TCGAbiolinks 8 - Case Studies

TCGAbiolinks:实例探究在运行程序前,我们需要导入必要的包:library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)1.介绍在这里,我们展示了TCGAbiolinks的完整分析流程。分别在四个案例中展示相应的代码,这些案例是:Expression

翻译 - TCGAbiolinks 7 - Analyzing and visualizing TCGA data

TCGAbiolinks:TCGA数据分析和可视化在运行程序前,我们需要导入必要的包:library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)1.TCGA的数据分析-TCGAanalyze我们可以使用下面的函数轻松分析TCGA数据:1.1.基因表达数据的预

翻译 - TCGAbiolinks 6 - Compilation of TCGA molecular subtypes

TCGAbiolinks:分子亚型在运行程序前,我们需要导入必要的包:library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)TCGAbiolinks从TCGA样本中检索分子亚型信息。函数PanCancerAtlas_subtypes和TCGAquery_

翻译 - TCGAbiolinks 5 - Mutation data

TCGAbiolinks:搜索,下载和可视化突变数据发表时间:2019年3月20日在运行程序前,我们需要导入必要的包:library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)1.搜索和下载TCGAbiolinks提供了一些从GDC下载突变数据(mutati

翻译 - TCGAbiolinks 4 - Clinical data

TCGAbiolinks:临床数据发表时间:2019年3月20日TCGAbiolinks提供了一些搜索,下载和解析临床数据的函数。本节首先解释GDC中临床信息的不同来源,然后提供访问不同来源临床数据的必要函数,最后显示不同来源临床数据之间的不一致。1.一些有用的信息1.1.临床数据:不同来源在GDC

翻译 - TCGAbiolinks 3 - Downloading and preparing files for analysis

TCGAbiolinks:数据下载和准备发表时间:2019年3月20日TCGAbiolinks提供了一些从GDC进行数据下载和数据准备的函数,以方便进行下游的分析。1.信息介绍本节首先解释不同的下载方法和SummarizedExperiment对象,它是TCGAbiolinks中使用的默认数据结构,

翻译 - TCGAbiolinks 2 - Searching GDC database

TCGAbiolinks:搜索GDC数据库发表时间:2019年3月20日TCGAbiolinks提供了一些搜索GDC数据库的功能。本节首先介绍GDC数据的两个可以用的源:Harmonized和LegacyArchive。然后提供一些实例,探究如何如何访问和使用它们。1.一些有用的信息1.1.不同GD

翻译 - TCGAbiolinks 1 - Introduction

介绍发表时间:2019年3月20日TCGAbiolinks通过GDCApplicationProgrammingInterface(API)接口访问NationalCancerInstitute(NCI)GenomicDataCommons(GDC)数据库,从而可以搜索、下载和处理TCGA项目中的数

TCGAbiolinks-TCGA分析

开始接触TCGA数据,想学习如何下载、处理、分析这些数据。在目前的常用分析包中选中了R包TCGAbiolinks。下面就记录我的学习过程,实际上本身TCGAbiolinks的官方教程就比较完整,我就按照官方教程学习如何处理,并将其翻译为中文,和大家一起学习。官方教程翻译:翻译1-TCGAbiolin
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