翻译 - WGCNA 6 - Export of networks to external software

6.网络导出在这里,我们可以将获得的共表达网络提取出来,然后使用其他第三方可视化工具来分析,比如Cytoscape、VisANT。6.1.导入处理的数据:首先,导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息datTraits以及构建的网络和模块networkConstruction-auto.RD

翻译 - WGCNA 5 - Network visualization using WGCNA functions

5.网络可视化5.1.导入处理的数据:首先,导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息datTraits以及构建的网络和模块networkConstruction-auto.RData:#设定工作目录setwd("/home/cxt/data/R/")#导入包library

翻译 - WGCNA 4 - Network-analysis-with-other-data-such-as-functional-annotation-and-gene-ontology

4.GO分析及功能注释前面的分析已经确定了几个与临床特征(体重)高度相关的模块(标记为brown、red和salmon)。为了便于生物学解释,我们想知道模块中基因的GO信息,探究这些基因是否某些功能类别中显著丰富等。4.1.导入处理的数据:首先,导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息dat

翻译 - WGCNA 3 - Relating modules to external clinical traits and identifying important genes

3.模块-临床信息关联并识别重要基因3.1.导入处理的数据:首先,导入准备好的样本表达数据datExpr、临床信息datTraits以及构建的网络和模块networkConstruction-auto.RData:#设定工作目录setwd("/home/cxt/data/R/")

翻译 - WGCNA 2 - Network construction and module detection

2.共表达网络构建及模块获取基于前面处理的数据,获得共表达网络及模块主要有三种方式:自动法:采用自动的网络构建和模块检测功能,快速获得结果逐步法:采用分布的网络构建和模块检测功能,以便使用者在每一步中可以选择自定义的方法或者可替代的方法分块法:一个自动的分块的网络建设和模块检测方法,解决分析数据集太

翻译 - WGCNA 1 - Data input and cleaning

1.数据导入与清理我们首先实践如何导入样本的表达数据和临床数据,并清理差异较大的样本。1.1.样本-表达数据获取1.1.1.导入数据#设定工作目录setwd("/home/cxt/data/R/")#导入包library(WGCNA)#设置将strings不要转成factorso

WGCNA - 共表达分析

1.WGCNA基本概念加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。相比于只关

翻译 - TCGAbiolinks 9 - Extension

TCGAbiolinks-新功能作者:MohamedMounir发表时间:2019年3月20日新功能:TCGAbiolinks版本TCGAbiolinks目前还提供了查询和下载TARGET数据库的数据的函数,并获得用于下游分析的SummarizedExperiments对象。此外,TCGAanaly

翻译 - TCGAbiolinks 8 - Case Studies

TCGAbiolinks:实例探究在运行程序前,我们需要导入必要的包:library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)1.介绍在这里,我们展示了TCGAbiolinks的完整分析流程。分别在四个案例中展示相应的代码,这些案例是:Expression

翻译 - TCGAbiolinks 7 - Analyzing and visualizing TCGA data

TCGAbiolinks:TCGA数据分析和可视化在运行程序前,我们需要导入必要的包:library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)1.TCGA的数据分析-TCGAanalyze我们可以使用下面的函数轻松分析TCGA数据:1.1.基因表达数据的预
Your browser is out-of-date!

Update your browser to view this website correctly. Update my browser now

×