Amber系列1 - Amber16介绍和安装

1. Amber - 介绍Amber是一套让用户能够进行分子动力学模拟的程序组, 特别是用于生物分子的模拟. 没有单个的程序使用Amber这个名称, 但各部分能很好地协同工作, 并为许多常用的计算提供了强大的框架. [1, 2] 术语Amber也用来指实现的经验力场. [3, 4]然而, 应当认识到

Autodock系列3 - 蛋白晶体的选择

其实我们在对接的过程中,无论你用的是什么软件(开源免费的Autodock,还是商业的SYBYL等),我们都需要选择靶点对应的蛋白晶体结构文件作为受体。有时候大家不知道如何去选择蛋白晶体?选择好蛋白晶体后如何处理?这里,我将和大家分享一下,我的处理过程。如果您有其他的处理流程,请在下面的评论处下,分享

Autodock系列2 - Windows系统下的对接步骤

说明:本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6, AutoDock Vina、PaDEL-ADV等软件1. 必备软件的安装分别安装下列软件的Windows版本:1. MGLTools http://mgltools.scripps.edu/downloads说明:这个软件中包含了Aut

Autodock系列1 - 分子对接简介及操作

说明:本教程主要的内容来自Yunwen Tao、Xianlong Wang、Yunfeng Jiang、Bin He等人所做的教程,感谢这些作者的贡献1. 分子对接的生物学背景分子对接的最初思想起源于 Fisher.E 提出的酶与底物相互作用的“锁和钥匙模型",它指的是底物和酶(也就是分子

蛋白-配体互作分析(2D & 3D)

在完成蛋白和分子的对接后,我们会得到蛋白和分子的亲和力得分值,当然不同的软件,如Sybyl、GOLD、AutodockVina等,这些软件的得分取值范围存在存在很大的差异,这里我们就不进行详细的讨论了。在这里我想和大家分享的是关于对接的后续分析。我们经常的论文中看到下面两种类型的图,他们分别表示蛋白

PyMOL - 开源版本安装

说明:实际上Windows和Linux差不多,当前教程参考这个版本的教程:https://pymolwiki.org/index.php/Windows_Install1. 商业版本安装(Incentive PyMOL)直接到Schrödinger官网去下载(exe版本)就能安装。地址:https:
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