Amber系列1 - Amber16介绍和安装

1.Amber-介绍Amber是一套让用户能够进行分子动力学模拟的程序组,特别是用于生物分子的模拟.没有单个的程序使用Amber这个名称,但各部分能很好地协同工作,并为许多常用的计算提供了强大的框架.[1,2]术语Amber也用来指实现的经验力场.[3,4]然而,应当认识到,该代码和力场是分开的:若

Autodock系列3 - 蛋白晶体的选择

其实我们在对接的过程中,无论你用的是什么软件(开源免费的Autodock,还是商业的SYBYL等),我们都需要选择靶点对应的蛋白晶体结构文件作为受体。有时候大家不知道如何去选择蛋白晶体?选择好蛋白晶体后如何处理?这里,我将和大家分享一下,我的处理过程。如果您有其他的处理流程,请在下面的评论处下,分享

Autodock系列2 - Windows系统下的对接步骤

说明:本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6,AutoDockVina、PaDEL-ADV等软件1.必备软件的安装分别安装下列软件的Windows版本:1.MGLToolshttp://mgltools.scripps.edu/downloads说明:这个软件中包含了AutoDock

Autodock系列1 - 分子对接简介及操作

说明:本教程主要的内容来自YunwenTao、XianlongWang、YunfengJiang、BinHe等人所做的教程,感谢这些作者的贡献1.分子对接的生物学背景分子对接的最初思想起源于Fisher.E提出的酶与底物相互作用的“锁和钥匙模型",它指的是底物和酶(也就是分子对接中的配体和

蛋白-配体互作分析(2D & 3D)

在完成蛋白和分子的对接后,我们会得到蛋白和分子的亲和力得分值,当然不同的软件,如Sybyl、GOLD、AutodockVina等,这些软件的得分取值范围存在存在很大的差异,这里我们就不进行详细的讨论了。在这里我想和大家分享的是关于对接的后续分析。我们经常的论文中看到下面两种类型的图,他们分别表示蛋白
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