翻译 - TCGAbiolinks 1 - Introduction

介绍

发表时间:2019年3月20日

TCGAbiolinks通过GDC Application Programming Interface (API)接口访问 National Cancer Institute (NCI) Genomic Data Commons (GDC)数据库,从而可以搜索、下载和处理TCGA项目中的数据,以便在R中进行分析。

1. 安装

1.1. R的安装

您可以从Bioconductor安装TCGAbiolinks相应的版本:

# 当前R的版本是"3.5",对应的TCGAbiolinks版本是"3.7" or "3.8"
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("TCGAbiolinks", version = "3.8")

最新的安装方法,访问官网

1.2. Docker图像

如果您更喜欢使用docker,可以使用TCGAbiolinks和TCGAbiolinksGUI作为Docker镜像(包含运行软件所需的所有内容的自包含环境),可以在Mac OS、Windows和Linux系统上轻松运行。

安装方法:PDF

Docker镜像源: https://hub.docker.com/r/tiagochst/tcgabiolinksgui/

有关更多信息请访问: https://docs.docker.com/https://www.bioconductor.org/help/docker/

2. 问题和主题

如果您要针对该软件提交错误报告或功能请求,请使用Github issues

2.1. 依赖库

本教程中的示例使用以下库:

library(TCGAbiolinks)
library(dplyr)
library(DT)

2.2. Session 信息

version
##                _                           
## platform       x86_64-pc-linux-gnu         
## arch           x86_64                      
## os             linux-gnu                   
## system         x86_64, linux-gnu           
## status                                     
## major          3                           
## minor          5.3                         
## year           2019                        
## month          03                          
## day            11                          
## svn rev        76217                       
## language       R                           
## version.string R version 3.5.3 (2019-03-11)
## nickname       Great Truth
packageVersion("TCGAbiolinks")
## [1] '2.10.5'
更新时间:2019-05-25 17:07:07

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最后更新:2019-05-25 17:07:07

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