Autodock系列2 - Windows系统下的对接步骤

说明:本教程主要使用了AutoDockTools-1.5.6, AutoDock Vina、PaDEL-ADV等软件

1. 必备软件的安装

分别安装下列软件的Windows版本:

1. MGLTools http://mgltools.scripps.edu/downloads
说明:这个软件中包含了AutoDockTools

2. AutoDock Vina http://vina.scripps.edu/
说明:这里既有软件的下载,也有软件的教程以及运行Vina的一些软件,请自行探索

3. PaDEL-ADV http://www.yapcwsoft.com/dd/padeladv/
说明1:这个是运行Vina的GUI即是图形界面,因为单独的Vina只能命令行运行,因此为了方便采用图形界面
说明2:PaDEL-ADV是一个Java程序,需要提前按照好Java的JRE环境

上述软件分别运行,安装目录既可以默认,也可以自行设定,但是后期使用其他软件的时候就要注意目录的问题。

![](https://raw.githubusercontent.com/AlphaJP/web_data/master/img/20190123085048.png)

2. 准备蛋白和分子

相关分子和蛋白文件的准备参考“Autodock - 分子对接简介及操作”中的介绍,最终我们获得了分子文件(pdbqt格式),蛋白文件(pdbqt格式),以及对接区域参数文件(conf.txt)。考虑我们使用的图形界面是PaDEL-ADV,我们的conf.txt文件的格式如下:分别表示蛋白文件位置,对接区域的中心位置,对接区域的长宽高。

receptor=D:\Data\DockVina\HSPB1.pdbqt 
center_x=14.716 
center_y=21.556 
center_z=52.056 
size_x=46 
size_y=40 
size_z=50

3. PaDEL-ADV运行对接

PaDEL-ADV对接的相关操作如下:

  1. 首先准备好相关文件,其中Ligand文件夹中的是分子文件,可以是一个或者多个

  2. 打开PaDEL-ADV,设置相关程序的位置:

    1. Ligands:分子文件所在位置

    2. MGLTools:这个软件所在位置

    3. Python:这个Python程序的位置实际上和MGLTools位置相同,应为MGLTolls安装时自带了Python程序,版本2.5版本

    4. Vina:Vina所在位置

    5. Results:对接得分所在位置,时一个csv文件

    6. Vina configuration:对接参数所在位置

    PaDEL-ADV运行界面

  3. 运行结束后,每一个分子都有一个压缩文件,里面包含了其具体结果

    对接结果

    Enhinacoside分子的结果

4. PaDEL-ADV注意事项

  1. 由于PaDEL-ADV版本和MGLTools版本存在差别,因此在运行时会出现如下所示的错误,这个错误是表明运行中没有发现运行所需的文件。

  2. 具体,我们可以按照上述错误,查看原始安装目录中的情况:

  3. 我们发现,并没有MGLToolsPckgs这个文件夹,这是因为,随着版本的更新,最新的版本1.5.6中,MGLToolsPckgsAutoDockTools被移到了其他目录中:C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\Lib\site-packages

  4. 因此,为了解决这个问题,我们需要在根目录下新建一个MGLToolsPckgs文件夹,并将AutoDockTools文件夹拷贝到MGLToolsPckgs目录下,这样程序就能顺利运行。

  5. 在解决了上述的问题后,重新操作“PaDEL-ADV运行对接”就能在Windows上完成Autodock Vina的对接了。

# Autodock 

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